Nature Methods:解密大腦“社交網(wǎng)絡(luò)”——我們真的讀懂了腦信號的“悄悄話”嗎?

[日期:2025-06-19] 作者:生物谷 次瀏覽 [字體: ]

我們的大腦如同一座由數(shù)百億神經(jīng)元構(gòu)成的繁華都市,而“功能連接”技術(shù)就是繪制其信息流動的“實時交通圖”。然而,我們檢測這些連接的“尺子”是否足夠精確?近日,一篇發(fā)表于《Nature Methods》的重磅研究“Benchmarking methods for mapping functional connectivity in the brain”,通過對239種統(tǒng)計方法進行全面基準(zhǔn)測試,揭示了不同方法間的巨大差異,為未來的腦科學(xué)研究提供了一份寶貴的“工具選擇指南”。

大腦連接的“百寶箱”:為何一個皮爾遜相關(guān)系數(shù)遠非全部?

想象一下,你有一個裝滿了各種工具的百寶箱,里面有錘子、螺絲刀、扳手、電鉆……每種工具都有其獨特的用途。如果你想擰一顆螺絲,用錘子硬砸顯然不是明智之舉。同樣,在分析大腦功能連接 (functional connectivity, FC)時,選擇合適的統(tǒng)計工具也至關(guān)重要。

該研究的第一步,就是打開這個裝有239種統(tǒng)計工具的“百寶箱”,看看它們彼此之間究竟有何異同。這些工具來自六個主要的“家族”,包括基于協(xié)方差 (covariance) 的、基于精度 (precision) 的、基于距離 (distance) 的、基于信息論 (information theory) 的、基于譜分析 (spectral) 的以及一些其他雜項 (miscellaneous) 方法。我們所熟知的皮爾遜相關(guān)系數(shù) (Pearson's correlation coefficient),就屬于協(xié)方差家族。

研究人員利用來自“人類連接組計劃 (Human Connectome Project, HCP)”的326名健康年輕人的高質(zhì)量靜息態(tài)功能磁共振成像 (resting-state functional magnetic resonance imaging, fMRI) 數(shù)據(jù),為每個人計算了239個版本的功能連接矩陣。隨后,他們比較了這些矩陣的相似性,結(jié)果令人震撼。

這239種方法并非一盤散沙,而是形成了涇渭分明的“家族聚落”。正如預(yù)期,協(xié)方差家族的成員們(如皮爾遜相關(guān)、斯皮爾曼等級相關(guān)等)彼此高度相似,它們像一群志同道合的兄弟。而另一大家族——精度(又稱逆協(xié)方差或偏相關(guān) (partial correlation))——則與協(xié)方差家族呈現(xiàn)出強烈的負(fù)相關(guān)關(guān)系。簡單來說,協(xié)方差衡量的是兩個腦區(qū)活動時間的“直接”同步性,而精度則更進一步,它試圖剔除其他所有腦區(qū)對這兩個腦區(qū)造成的“共同影響”,從而揭示它們之間更為“直接”或“私密”的聯(lián)系。這就好比,A和B是好朋友,經(jīng)常一起出現(xiàn)(高協(xié)方差);但如果他們每次出現(xiàn)都是因為共同的朋友C組織了聚會,那么剔除C的影響后,A和B之間的“私密”聯(lián)系可能就很弱了(低精度)。

更有趣的是,不同方法生成的功能連接圖譜在視覺上就千差萬別。有些方法(如協(xié)方差)產(chǎn)生的網(wǎng)絡(luò)呈現(xiàn)出大塊的、模塊化的結(jié)構(gòu),而另一些方法(如精度或一些距離度量)產(chǎn)生的網(wǎng)絡(luò)則更為稀疏,強調(diào)了一些特定的、長程的連接。這充分說明,我們選擇的“尺子”直接決定了我們能“畫”出什么樣的大腦地圖。僅僅依賴默認(rèn)的皮爾遜相關(guān),我們看到的大腦“社交網(wǎng)絡(luò)”可能只是眾多可能性中的一種,甚至可能是一種被簡化的、帶有偏見的面貌。

繪制大腦地圖:不同的“尺子”會畫出怎樣的“地形”?

既然不同的統(tǒng)計方法會產(chǎn)生不同的功能連接矩陣,那么這些差異是否會影響我們對大腦網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浜蛶缀翁卣鞯睦斫猓垦芯咳藛T從三個經(jīng)典的角度切入,對這些“地圖”進行了深入的考察。

1. 大腦中的“交通樞紐”在哪里?

在大腦網(wǎng)絡(luò)中,存在一些連接度極高的區(qū)域,被稱為“樞紐 (hubs)”。它們就像航空網(wǎng)絡(luò)中的北京、上?;蚣~約,是信息整合與分發(fā)的核心節(jié)點。然而,研究結(jié)果顯示,“樞紐”的位置很大程度上取決于你用什么方法去尋找。當(dāng)使用傳統(tǒng)的協(xié)方差類方法時,樞紐主要分布在視覺 (visual)、體感運動 (somatomotor) 等感覺和運動皮層。然而,當(dāng)我們切換到精度類方法時,一幅截然不同的景象出現(xiàn)了:樞紐的位置發(fā)生了顯著轉(zhuǎn)移,更多地出現(xiàn)在了默認(rèn)模式網(wǎng)絡(luò) (default mode network, DMN) 和額頂網(wǎng)絡(luò) (frontoparietal network, FP) 等高級認(rèn)知功能相關(guān)的“聯(lián)合皮層 (association cortex)”。這個發(fā)現(xiàn)告訴我們,不同的分析方法可能揭示了不同層面的大腦組織原則。

2. “遠親不如近鄰”定律的普適性如何?

大腦的布線遵循一個基本的經(jīng)濟學(xué)原則:物理上距離越近的腦區(qū),越有可能形成功能連接。這被稱為“權(quán)重-距離權(quán)衡 (weight-distance trade-off)”。數(shù)據(jù)顯示,絕大多數(shù)方法計算出的功能連接強度都與腦區(qū)間的物理距離(歐幾里得距離 (Euclidean distance))呈現(xiàn)出預(yù)期的負(fù)相關(guān)關(guān)系,相關(guān)系數(shù)值大多在-0.2到-0.3之間。但值得注意的是,不同方法捕捉此效應(yīng)的強度存在顯著差異,有些方法的相關(guān)系數(shù)甚至接近于0,表明它們可能對大腦的長程、非局域性通訊模式更為敏感。

3. 功能的“交通圖”與結(jié)構(gòu)的“高速路”匹配度有多高?

大腦的功能連接受到底層白質(zhì)纖維束構(gòu)成的結(jié)構(gòu)連接網(wǎng)絡(luò)的約束,這種關(guān)系被稱為“結(jié)構(gòu)-功能耦合 (structure-function coupling)”。研究人員評估了每一種功能連接方法與大腦結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的匹配程度。結(jié)果再次顯示出巨大的變異性,擬合優(yōu)度(由調(diào)整后的R2值衡量)從接近0變化到驚人的0.25。誰是這場比賽的冠軍?精度類方法再次脫穎而出,它們與隨機交互 (stochastic interaction) 和虛部相干 (imaginary coherence) 等方法一起,展現(xiàn)出最強的結(jié)構(gòu)-功能耦合。這背后的邏輯是清晰的:因為精度方法旨在消除“間接”影響,所以它所保留下來的“直接”功能連接,更有可能恰好是沿著大腦的物理“高速公路”進行的。

大腦的“多重奏”:功能連接與基因、神經(jīng)遞質(zhì)的共鳴

大腦的組織不僅體現(xiàn)在宏觀連接上,還受到微觀生物學(xué)因素的深刻影響。研究人員巧妙地將fMRI功能連接圖譜與多種其他模態(tài)的生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)進行了對比,試圖探尋大腦“多重奏”中的共鳴。

他們構(gòu)建了五種代表不同生物學(xué)過程的“相似性網(wǎng)絡(luò)”,包括:基于基因表達譜相似性的基因共表達網(wǎng)絡(luò) (correlated gene expression network);基于細胞構(gòu)筑層次相似性的皮層分層相似性網(wǎng)絡(luò) (laminar similarity network);基于對18種神經(jīng)遞質(zhì)受體親和力相似性的神經(jīng)遞質(zhì)受體相似性網(wǎng)絡(luò) (neurotransmitter receptor similarity network);基于腦磁圖 (MEG) 電信號同步性的電生理連接網(wǎng)絡(luò) (electrophysiological connectivity network);以及基于葡萄糖代謝率同步性的代謝連接網(wǎng)絡(luò) (metabolic connectivity network)。

當(dāng)把239種fMRI功能連接網(wǎng)絡(luò)分別與這五種生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)進行比較時,一個清晰的模式浮現(xiàn)了:與fMRI功能連接對應(yīng)關(guān)系最強的,是神經(jīng)遞質(zhì)受體相似性網(wǎng)絡(luò)。這一發(fā)現(xiàn)為功能連接的生物學(xué)基礎(chǔ)提供了強有力的證據(jù)。其背后的機制可能是,擁有相似神經(jīng)遞質(zhì)受體圖譜的腦區(qū),會對全局性神經(jīng)調(diào)質(zhì)信號做出相似的響應(yīng),從而導(dǎo)致它們的神經(jīng)活動更容易同步。

同樣,精度類方法在與這些生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)(尤其是神經(jīng)遞質(zhì)和基因網(wǎng)絡(luò))的對齊中再次表現(xiàn)出色,進一步印證了它們在捕捉大腦內(nèi)在生物學(xué)組織原則方面的潛力。一個有些出人意料的發(fā)現(xiàn)是,fMRI功能連接與同樣測量大腦活動的MEG電生理連接和FDG-PET代謝連接之間的關(guān)聯(lián)度,并不像人們想象的那么高,這恰恰反映了大腦信息處理在不同時間和空間尺度上的復(fù)雜性。

“腦紋”識人:哪種方法最能捕捉你獨一無二的大腦指紋?

每個人的大腦都像他/她的指紋一樣獨一無二。這種個體特異性就編碼在功能連接的模式中?!肮δ苓B接組指紋 (functional connectome fingerprinting)”或“腦紋 (brainprint)”的研究旨在回答兩個核心問題:我們能否僅憑功能連接圖譜識別個體?它能否預(yù)測個體的認(rèn)知和行為?

1. 個體識別能力(指紋分析)

研究人員計算了一個名為“可識別性指數(shù) (identifiability index)”的指標(biāo)。結(jié)果顯示,不同方法在“腦紋”識別能力上存在天壤之別。傳統(tǒng)的協(xié)方差類方法(包括皮爾遜相關(guān))表現(xiàn)尚可,可識別性指數(shù)大約在1.5左右。然而,精度類方法再次以壓倒性優(yōu)勢勝出,其可識別性指數(shù)超過了2.1。這是一個巨大的提升,意味著使用精度方法計算的功能連接網(wǎng)絡(luò),能夠更穩(wěn)定、更可靠地捕捉到構(gòu)成我們個體身份的神經(jīng)基礎(chǔ)。

2. 行為預(yù)測能力

研究人員利用機器學(xué)習(xí)模型,檢驗了每種功能連接網(wǎng)絡(luò)預(yù)測五種認(rèn)知行為復(fù)合維度的能力。結(jié)果表明,那些在“指紋”分析中表現(xiàn)出色的方法,通常在行為預(yù)測中也同樣出色。協(xié)方差、精度以及一些信息論方法,在預(yù)測認(rèn)知能力和煙草使用等行為上取得了最好的效果。這一發(fā)現(xiàn)直接將抽象的統(tǒng)計方法選擇與具體的應(yīng)用價值聯(lián)系起來,提示我們精心選擇功能連接的計算方法是提升預(yù)測精度的關(guān)鍵。

不止“心有靈犀”:解碼信息流的16種“原子”模式

到目前為止,我們一直在探討功能連接的“關(guān)聯(lián)”。但它到底反映了大腦區(qū)域間怎樣的信息流動模式?研究人員采用了一種前沿的理論框架——整合信息分解 (Integrated Information Decomposition, ΦID),將信息關(guān)系分解為16種基本的“信息動力學(xué)原子 (information-dynamic atoms)”,描述了信息在時空中的不同流動方式,例如信息存儲 (storage)、遷移 (migration)、復(fù)制 (duplication)、加密 (encryption) 和解密 (decryption) 等。

當(dāng)研究人員用這16種信息“原子”去解構(gòu)239種功能連接方法的內(nèi)涵時,他們得出了一個顛覆性的結(jié)論:絕大多數(shù)經(jīng)典的功能連接統(tǒng)計量,包括協(xié)方差、精度和互信息 (mutual information),其絕大部分貢獻都來自于一種最簡單的模式——冗余信息的存儲 (redundant information storage)。

這意味著,當(dāng)我們使用皮爾遜相關(guān)等常用方法時,我們主要測量的是兩個腦區(qū)在多大程度上承載了相同的信息,并且這種信息狀態(tài)在時間上保持穩(wěn)定。它在很大程度上忽略了更復(fù)雜、更動態(tài)的信息處理過程。然而,工具箱中也存在能捕捉這些高級信息模式的“寶藏”,例如相位滯后指數(shù) (phase lag index) 更能反映信息的遷移和復(fù)制;而格蘭杰因果 (Granger causality)、傳遞熵 (transfer entropy) 等方法,則能捕捉到更復(fù)雜的因果互動。

這一發(fā)現(xiàn)為我們敲響了警鐘。它揭示了當(dāng)前功能連接研究的一個潛在盲點:我們可能長期以來都在重復(fù)測量大腦中最簡單、最冗余的信號,而錯過了那些真正體現(xiàn)信息處理和計算的復(fù)雜動態(tài)。

沒有“萬能鑰匙”,只有“量體裁衣”:如何為大腦研究選擇最佳工具?

這項里程碑式的研究,如同一位經(jīng)驗豐富的向?qū)?,帶領(lǐng)我們在大腦功能連接方法論的茂密森林中穿行。它最重要的啟示是:在功能連接的世界里,不存在一把可以打開所有鎖的“萬能鑰匙”,只有根據(jù)具體研究問題“量體裁衣”的最佳方案。

方法論的多樣性是現(xiàn)實,而非麻煩:239種方法間的巨大差異告訴我們,方法的選擇本身就是研究設(shè)計的一部分,它直接影響著最終的科學(xué)結(jié)論。

精度方法是一顆冉冉升起的新星:在多個關(guān)鍵維度的比拼中,基于精度(偏相關(guān))的方法都表現(xiàn)出眾,在許多研究場景下可能是比皮爾遜相關(guān)更理想的選擇。

問題導(dǎo)向是選擇工具的黃金法則:如果研究關(guān)注結(jié)構(gòu)-功能聯(lián)系,精度類方法可能是首選;如果希望開發(fā)個體化生物標(biāo)記物,精度、協(xié)方差和信息論方法值得嘗試;如果對真實的信息傳遞和因果互動感興趣,則需要探索更復(fù)雜的工具。

我們需要超越對“冗余”的迷戀:該研究揭示了主流功能連接方法主要捕捉的是冗余信息存儲。未來的研究需要更積極地?fù)肀軌蚍纸鈪f(xié)同、冗余和獨特信息流的先進框架,從而更深入地理解大腦是如何進行計算和涌現(xiàn)出智能的。

總而言之,該研究不僅僅是對現(xiàn)有方法的一次大規(guī)?;鶞?zhǔn)測試,它更像是一份宣言,呼吁整個神經(jīng)影像學(xué)界邁向一個更加嚴(yán)謹(jǐn)、更加自覺、更加多元的方法論新時代。通過為研究人員提供前所未有的選擇空間和決策依據(jù),它為我們更精確地解密大腦這部無與倫比的“生命樂章”鋪平了道路,讓我們離真正讀懂大腦的“悄悄話”又近了一步。